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IF95大规模中药转录组研究揭示

来源:科学管理原理 时间:2021-8-26

本期分享今年5月正式发表在ScienceBulletin(影响因子9.5)上的论文《大规模转录组实验揭示传统中药对COVID-19造成的细胞因子风暴的抑制作用》。

新冠肺炎已成为全球性的大流行病,中药为中国抗击该疫情做出了巨大贡献,但其抑制新冠肺炎相关细胞因子风暴的分子机制尚不清晰。本研究首先通过HTS2技术,在基因表达层面上,大规模检测了味中药提取物对于免疫细胞中与细胞因子风暴紧密相关的信号通路-IL6信号通路和TNF-a信号通路的调控作用,发现53味中药对这些通路具有显著抑制作用。其次,评估了来自国家及地方新冠肺炎诊疗方案中出现的个方剂,发现理中汤、六君子汤、黄连解毒汤、清肺排毒汤在抑制细胞因子风暴方面排在前列。此外,鉴别了相关中药中的潜在活性成分,进一步揭示了中药抑制新冠肺炎相关细胞因子风暴的化学基础。本文将HTS2技术、生物信息学方法以及计算机辅助药物设计有机结合,系统探究了中药调节新冠相关细胞因子风暴的分子机制,为中药治疗新冠肺炎药效机制的解析提供了科学依据。

研究路线见图1A。研究结果见图1B~F及图2.

图1传统中药对COVID-19造成的细胞因子风暴的抑制作用。(a)实验流程图。16种草药对IL-6信号通路抑制(b)及37种草药对TNF-a通路抑制(c)的GSEA分析结果(FDR0.25).(d)清肺排毒汤作用于IL-6和TNF-a信号通路的复方-草药-基因-通路网络。(e)基于分子动力学模拟的槲皮素与STAT3(PDBID:6NJS)之间的结合(f)基于分子动力学模拟的4-(3-phenylacryloyloxymethyl)-6,7-dimethoxycoumarin和TNF-a(PDBID:6OP0)之间的结合。

图2抑制细胞因子风暴相关通路的复方-草药-化合物的分子机制概图

参考文献:

DaiY,QiangW,GuiY,TanX,PeiT,LinK,CaiS,SunL,NingG,WangJ,GuoH,SunY,ChengJ,XieL,LanX,WangD.Alarge-scaletranscriptionalstudyrevealsinhibitionofCOVID-19relatedcytokinestormbytraditionalChinesemedicines.SciBull(Beijing).May15;66(9):-.doi:10./j.scib..01..EpubJan12.PMID:;PMCID:PMC.

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