生信数据分析从业者项目管理系列回顾
Day31我们聊了生信数据分析从业者如何做好课题管理和记录，才能保证项目的跨时空高校访问且在团队沟通和协作中不卡壳。
这一期我们聊聊生信数据分析从业者代码管理
变量命名
变量命名有两个原则，一个是短，一个是信息量要大。但是这两个是矛盾的。
一部分初学者往往命名变量的时候var1var2var3，一直到varn。
这种变量名没有任何信息量，所以在用到这个变量的时候很难想起来。这个习惯对于写大的项目来说非常不好，因为时间跨度大，每次用到一个变量都要回去找找当时用了啥名字。
也有一部分命名信息量很大，但是太长。比如，TopSNPChr1Ft
我个人不推荐变量命名大小写混用，如果需要间隔下划线就好。
例如，以上例子可以写成top_snp_chr1_ft，因为大小写混用，容易出拼写方面的bug。但是不要用点来间隔因为很多语言里点意味着call一个object的attribute或者method，所以即便是写R这类下划线和点都一样的语言，尽量用下划线，这样合作的时候大家读起来容易些。
重复性和函数
很多语言其实都是程式化、模块化的编程。
所以只要一段代码今后还可能被用到，就把它写成一个函数，这样读起来比较容易，而且下次用到的时候直接调用函数就好，代码非常简洁，重复利用率很高。
代码注释
一般来说如果一个课题写的代码有行的话，有行是都废物，都是为了探索各种方法和参数的无效代码。
这行代码的意义只是告诉课题大致该往哪个方向走。所以一旦任务完成，这部分要与剩下的那行分开。因为如果这个时候不分开，再回头用的时候，就很难分开了。
剩下的那行，差不过有50行的结果虽然有点意思，但是无法组成故事写入文章。所以剩下的那50行，需要做好注释，每一步在干什么，输入是什么。
代码文件命名
命名代码文件的时候，尽量把功能上一致的代码分开，加上功能和时间戳作为文件名。不要把一天做了20个功能的代码放在一起，成为一个文件。一来这样命名时比较难，二来以后回来用到某一个功能时候很难在找到。
VersionControl
如果与人协作，很多个人同时在往一个文件里写东西，必须要用Versioncontrol，我个人习惯了Git，关于git有很多博主有很好的教程，我这里就不介绍了。
即便是不与别人合作，我也经常会把一些自己那些不需要见人的代码草稿，push到git作为一种云端备份的手段。
总之，代码这里要做到简洁、易懂（主要是别人在没有你介绍的情况下，能读得懂），有备份。
好了明天开始我们聊聊数据备份。
关于博主大家好，我是山石，山西农业大学（本）、天津大学（硕）、瑞典乌普萨拉大学（博），瑞典农业科学大学（博士后）。
在生命科学领域学习工作了15年，目前为瑞典农业大学生物大数据分析ResearchFellow。
从普通二本院校到世界百强大学，一路踉跄走到了求学路的尽头。虽未获得成功，但是心中的小火苗还没有熄灭。此刻怀着仅剩的执着，开启了职场终身学习的征程。
我同时是知乎、
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