科学家们往PDB数据库提交的晶体结构数据,也可以提交到国家微生物科学数据中心(NMDC)了!
在全民抗击新冠疫情的重要时期,中国科学院微生物所齐建勋研究员团队完成了新冠病毒S蛋白结构解析,并在文章发表前,第一时间将结构数据上传到了国际蛋白质结构数据库(PDB)和国家微生物科学数据中心。国家微生物科学数据中心接收数据后,当天完成数据审核后当天上线,PDB数据库在一个月后公布该结构数据,4月9日,国际著名期刊《Cell》正式发表相关文章,目前该数据已经在国家微生物科学数据中心(NMDC)被下载超过一万次。
国家微生物科学数据中心助力我国科学家快速发表数据及共享数据,第一时间发布的多条核酸序列、晶体结构等重要数据,对全球新冠病毒溯源研究、病毒感染机制解析、疫苗和药物开发起到了重要的作用。
那么究竟如何快速提交您的结构数据呢,小编手把手教您具体提交步骤~
首先来感受下数据提交服务亮点:
线上全流程数据汇交,为您带来便捷提交新体验
便捷数据提交专业团队审核快速数据发表
l支撑中国科学家发表文章时的数据存储、共享。
l支持微生物项目、样本、核酸序列、微生物基因组、宏基因组、微生物元基因组、转录组、蛋白质结构、期刊附件等多种类型数据提交。
l支持国家重点研发计划、科技资源调查专项、国际合作专项等项目数据汇交。
l数据当日提交三个工作日内完成审核并发放编号。
l为每条数据提供DOI编号。
(图例来源为国家微生物科学数据中心数据提交页面)
NMDC网站可提交的数据类型共八种。包括生物项目数据(BioProject),即生物学研究项目信息进行收集整理的数据库,可以根据所产生的数据类型来识别一个项目;生物样本数据(BioSample)为一个中心位置,可与项目库链接,也可独立,用于收集病毒、细菌、真菌等微生物的菌株及样本、微生物环境样本(元基因组)描述信息;核酸序列数据(NucleotideSeq)收集16SrRNA、rRNA-ITS等特征基因片段以及其他微生物相关的核酸序列;原始组学数据(MSRA)收集管理测序产生的原始数据集;晶体结构数据(Structure)收集生物大分子(蛋白质、核酸等)的结构数据;期刊附件数据(Attchment)为生物学期刊提供文章的在线提交附件数据;基因组数据(Genome)收集拼接组装完整的基因组数据信息;宏基因数据(Metagenome)收集微生物宏基因组相关数据信息。各类数据之间采用线性、一对多、多对一的模式进行关联,从而形成“金字塔”式的信息组织与管理模式。
如何提交数据到NMDC?
1.注册账户
在NMDC网站第一次进行数据提交时需要先注册个人账户,按网站要求及个人真实情况填写即可,注册成功之后即可开始提交数据。
2.创建数据
创建晶体结构数据
晶结构数据库收集生物大分子(蛋白质、核酸等)的结构数据。
创建样本共有两个步骤。第一个步骤为填写提交人,联系人信息等,如果此数据由多方人员提供,可添加多个提交人和机构。其中姓名、邮箱及联系电话要准确填写,这些使我们可以用来及时联系用户。
第二步为填写基本信息,发布日期可选,审核后立即发布、期刊发布同步、指定日期发布可选择指定日期。结构信息填写,结构名称请写你所上传数据的官方结构名称,物种名称请填此结构所属物种的学名,PDB请填写此结构在PDB公开数据库中对应的编号,试验方法在所给X-RayDiffraction、ElectronMicroscopy、SolutionNMR、NeutronDiffraction、ElectionCrystallography、Solid-stateNMR、FiberDiffraction中进行选择。点击即可上传文件,文件格式可以为xml、odb、cif等,且文件大小不能超过10M。
选择是否关联文章,若不关联则选否,若关联则需要填写所关联文章的文章状态、期刊名称、文章标题,关联文章可添加多个。选择是否关联基金,若不关联则选否,若关联则需要填写所关联基金的类别,名称及编号,基金可关联多个。之后要选择数据访问协议类型,其中完全公开数据使用表示任何用户都可以访问、复制、收集和下载,而协议公开示用则表示用户使用此类数据时需征得数据提供者同意,点击选择后就要遵从此协议。
最后为预览界面,在此界面用户可以看到自己之前每一步提交所填写的信息,如果发现有哪一步填写错误,就可以点击上一步到那一步骤进行修改,如果检查无误即可点击提交,系统核验后会发送正式编号。
关于国家微生物科学数据中心的更多介绍:
国家微生物科学数据中心(NationalMicrobiologyDataCenter,NMDC)于年6月经科技部、财政部通知公布,由中科院微生物研究所作为依托单位建设。中心按照年国家发布的《科学数据管理办法》,承担微生物领域科学数据汇交管理、共享与服务工作。中心建立了微生物领域完善的数据体系,数据内容覆盖微生物资源、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术、合成生物学等交叉学科以及微生物文献、专利、专家、成果等知识库,重点推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合,为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科学数据资源共享服务。
中心官方网站链接:
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